Em 2003 foi adotado o sistema de pontos corridos, sendo que as 24 equipes se enfrentariam em turno e returno. Sem o até então clássico mata-mata o campeão seria aquele que chegasse ao fim da competição com a melhor campanha, ou seja, o maior número de pontos. As vagas na Libertadores ficariam com as quatro melhores campanhas e as duas piores seriam rebaixadas.
O Cruzeiro, de Vanderlei Luxemburgo, foi o primeiro campeão brasileiro no modelo de pontos corridos, sendo comandado em campo pelo meia Alex em grande fase. A equipe celeste conquistou 100, superando em 13 pontos o Santos, segundo colocado.
As equipes classificadas para a Libertadores foram: Cruzeiro, Santos, São Paulo, São Caetano e Coritiba. Os rebaixados para a série B foram: Fortaleza e Bahia.
