O regulamento do Brasileirão deste ano definia o confronto em turno único de 22 equipes, sendo que para a final avançavam os 8 primeiros colocados, que foram: Corinthians, Cruzeiro, Vasco, Ponte Preta, São Paulo, Vitória, Atlético-MG e Guarani. Os duelos entre as 8 equipes na fase seguinte eram feitos no estilo playoffs, podendo ter até três partidas para definir o vencedor.
A final foi disputada entre Corinthians e Atlético-MG. A primeira partida foi vencida pelo galo por 3×2 e a segunda pelo Corinthians por 2×0. Neste caso houve a necessidade de uma terceira e decisiva partida que terminou empatada sem gols.
As grandes novidades na competição ficaram a cargo das vagas para a Libertadores, já que uma quarta vaga estava disponível para o Brasil, fazendo com que houvesse uma disputa pelas equipes classificadas até a 16ª posição, contanto que estivessem fora da final. Assim o Atlético-PR garantiu vaga para a Libertadores de 2000.
O ponto mais confuso foi a questão do rebaixamento, que considerava uma média de pontos entre os anos de 98 e 99. Segundo tal critério, os rebaixados deveriam ser Botafogo-SP, Juventude, Paraná e Botafogo, porém, por decisão do STJD o São Paulo foi punido em 4 pontos pela escalação do “gato” Sandro Hiroshi, o que colocava o Gama como rebaixado no lugar do Botafogo-SP. A equipe do Distrito Federal recorreu e as disputas judiciais se arrastaram pelo campeonato do ano seguinte.
