Após os problemas de 87, Clube dos 13 e CBF chegaram a um entendimento e em 88 a competição foi disputada por 24 equipes e foi estipulado um sistema de acesso de duas equipes e descenso de quatro. Uma particularidade que passou a vigorar neste ano se referia a pontuação: a vitória passou a valer 3 pontos, enquanto no caso de empate, a equipe que ganhasse uma disputa de pênaltis somaria mais 1 ponto.
Os clubes, divididos em dois grupos, disputavam uma primeira fase dentro da chave (turno) e um returno contra a outra chave. Bahia, Fluminense, Grêmio e Inter chegaram às semifinais. Na disputa entre os tricolores, o Bahia levou a vantagem e classificou-se para a final, para enfrentar o Internacional, que eliminou o Grêmio na semi. Na partida decisiva o Bahia sagrou-se campeão, vencendo por 2×1 em casa e segurando um empate sem gols na partida de volta.
