Inicialmente chamado de Prêmio Mercosul para Jovens Pesquisadores, o prêmio foi criado pela Reunião Especializada em Ciência e Tecnologia do Mercosul no ano de 1998 e até o ano 2000, somente para jovens pesquisadores, foram lançadas duas chamadas , uma com o tema Alimentos e outra com o tema Meio Ambiente – Tecnologias Limpas.
A partir do ano de 2004 o Prêmio passa a contar com a importante parceria da UNESCO e passa então, a ser chamado de Prêmio Mercosul de Ciência e Tecnologia , e passa a oferecer premiações em duas categorias que são Jovens Pesquisadores, para participantes com até 35 anos de idade e Integração, destinada a equipes de pesquisadores sem limite de idade.
O prêmio visa o reconhecimento dos melhores trabalhos de estudantes, jovens pesquisadores e equipes de pesquisa, que com seus trabalhos e estudos, representam potencial contribuição para o desenvolvimento tecnológico dos países que compõem o Mercosul.