Após toda a confusão do ano anterior a CBF manteve para 2001 os clubes do Módulo Azul da Copa João Havelange na Série A (beneficiando assim Fluminense e Bahia) e convidou ainda Paraná, São Caetano e o Botafogo-SP para a divisão principal.
A primeira fase, disputada em turno único tinha originalmente a idéia de classificar 4 equipes para a disputa de semifinais, porém este número foi ampliado para 8 equipes (São Caetano, Atlético-PR, Fluminense, Atlético-MG, Grêmio, Ponte Preta, São Paulo e Bahia).
Como o calendário estava apertado, as quartas e semifinais foram disputadas em jogo único, deixando a partida de ida e volta apenas para a final.
O Atlético-PR conquistou seu primeiro título Brasileiro vencendo as duas disputas contra o São Caetano.
