Como existe a possibilidade de venda dos co-produtos gerados no processo de produção tanto do etanol quanto do biodiesel, pode-se considerar que estes auxiliam na necessidade de conferir viabilidade aos processos. Processos que tem co-produtos com valor de mercado obtém melhoria na eficiência a partir do momento que estes valores são considerados na questão econômica dos mesmos. Os principais co-produtos gerados:
- Para o Etanol: Bagaço de cana e torta de filtro. O primeiro co-produto é geralmente utilizado para gerar calor em caldeiras, enquanto o segundo é utilizado como adubo.
- Para o Biodiesel: Principal subproduto é a glicerina, muito utilizada na alimentação de rebanhos animais e na indústria farmacêutica.
Outro detalhe de vital importância em ambos processos, está o fato de serem processos renováveis. A preocupação com sustentabilidade atual, coloca as energias renováveis como o biodiesel como alternativa na amenização dos impactos ambientais, já que o processo de obtenção do biodiesel gera dois produtos: ésteres (o nome químico do biodiesel) e glicerina (produto valorizado no mercado), além de co-produtos (torta e farelo). Esses co-produtos, ao serem utilizados, para alimentação animal por exemplo, constituem redução no custo da alimentação (ração), além de serem alternativa sustentável de reaproveitamento de matéria orgânica de origem vegetal, evitando o acúmulo de resíduos no meio ambiente, com conseqüente contaminação ambiental, colaborando assim para a preservação dos recursos naturais com uma produção animal sustentável.